У більшості випадків пароксетин призначається вранці, проте у ряді випадків, коли препарат виявляє седативний ефект, можна перенести одноразовий прийом на вечірній час. При збільшенні дози доцільно розділити добову дозу на 2 прийоми вранці і ввечері.
Пароксетін скорочує загальний час сну та знижує ефективність сну у пацієнтів з БДР, знижуючи ФБС та збільшуючи ЛП. У пацієнтів з БДР застосування флуоксетину супроводжується збільшенням частоти пробуджень, зниженням ефективності сну та зменшенням дельта-сну, а також збільшенням ЛП та редукцією ФБС.
Таблетки слід приймати внутрішньо, 1 раз на добу, вранці, під час їди, проковтуючи цілком, запиваючи водою. Доза підбирається індивідуально протягом перших 2-3 тижнів після початку терапії та згодом за необхідності коригується. При депресії доза, що рекомендується, становить 20 мг 1 раз на добу.