Найчастіше вегетативний стан виникає внаслідок тяжкого ураження головного мозку при травмі голови або розладах, що перешкоджають надходженню кисню в головний мозок, наприклад, зупинка серця та дихання.
Слід диференціювати вегетативний стан коми. На відміну від пацієнтів із комою у вегетатиків збережені безумовні рефлекси, спостерігається відкривання очей на сильні звукові подразники та больовий вплив, існує зміна фаз сон-неспання.
Вегетативний стан, як правило, характеризується відсутністю реагування та усвідомленості у зв'язку з генералізованою дисфункцією півкуль головного мозку (при цьому функціонування стовбура мозку залишається збереженим), а іноді імітацією свідомості, незважаючи на його відсутність.
Люди в вегетативному стані перебувають у свідомості, але з усвідомлюють це. Їхні очі відкриті, і погляд іноді починає блукати. Вони здатні посміхатися, стискати чужу руку, плакати, стогнати. Але не реагують на бавовну в долоні, нездатні бачити і не розуміють звернену до них промову.