Побічні дії найчастіше розвиваються на 1 або 2 тижні лікування і потім зазвичай стають менш інтенсивними та виникають рідше при продовженні терапії. З боку центральної нервової системи: безсоння або сонливість, запаморочення; рідко – порушення смакових відчуттів та порушення сну.
Антидепресивний ефект зазвичай розвивається через 2-4 тижні після початку лікування. Після зникнення симптомів депресії щонайменше протягом 6 місяців необхідно продовжувати терапію для закріплення отриманого ефекту.
У деяких пацієнтів із панічним розладом на початку лікування есциталопрамом може спостерігатися посилення тривоги, яка зникає зазвичай протягом наступних 2 тижні.