Тим, у кого, як кажуть фахівці, знижений судомний поріг, Ноотропіл приймати не можна. Вінпоцетин не підходить людям із порушеннями судинного тонусу, Ацефен протипоказаний тим, у кого підвищена емоційність. Сильних несподіваних реакцій на ноотропи не трапляється (якщо у пацієнта не знижено судомний поріг).
При тривалому використанні вони викликають незворотні зміни психіки та поведінки, що призводять до зниження інтелекту та хронічних психічних розладів – психозів, депресії. Також вони можуть негативно впливати на периферичні органи та тканини, особливо на серцево-судинну систему.
Наприклад, ноотропи призначають під час лікування неврозів, синдрому дефіциту уваги та гіперактивності (СДВГ), депресивних розладів та інших розладів настрою, шизофренії.
До них відносяться еритема, гіперемія обличчя, тахікардія, ортостатична гіпотензія, при парентеральне введення – колапс. Крім того, можливі запаморочення, біль голови, порушення сну, а також диспепсичні розлади, пов'язані з підвищенням шлункової секреції.