Основним та абсолютним протипоказанням до КТ є вагітність через негативний вплив на організм плода рентгенівських променів. Дітям до 14 років без направлення лікаря КТ намагаються не робити через ризик розвитку онкологічних захворювань від опромінення.
Під час проведення КТ мозку доза становить 1-2 мЗв, діагностика великих за обсягом частин тіла, як-от, наприклад, КТ органів черевної порожнини чи малого таза також незначна – близько 6-11 мЗв. З цього випливає висновок, що проводити дослідження можна кілька разів на рік без жодної шкоди для здоров'я.
До протипоказань до комп'ютерної томографії з контрастуванням входять непереносимість препаратів йоду, порушення згортання крові, хвороби щитовидної залози, тяжка патологія серця, печінки та нирок.