Протипоказання щодо електрофорезу Гострі та гнійні запальні процеси різної локалізації. Розлади шкірної чутливості. Індивідуальна нестерпність струму. Порушення цілісності шкірних покривів у місцях накладання електродів.
Після електрофорезу не рекомендується зігрівати область впливу, щоб не змінити концентрацію депонованих у шкірі ліків.
Загалом вибір зони проведення електрофорез залежить від захворювання: так, електрофорез комірної зони проводиться при захворюваннях нервової або судинної системи, електрофорез кінцівок – при захворюваннях суглобів, електрофорез поперекової зони – при гінекологічних захворюваннях тощо.