У 80% випадків захворювання триває 1-3 роки, 10% хворих живуть довше (до 10 років), у 10% описано блискавичну течію, коли смерть настає менш ніж через 3 місяці.
Не існує специфічного методу лікування. Коли починають виявлятися симптоми кліщового енцефаліту, які вказують на ураження центральної нервової системи – це менінгіт, енцефаліт, – хворий має бути негайно госпіталізований, йому необхідно надати підтримуючу терапію.
Відновлення після вірусного енцефаліту може займати дуже тривалий час.
При енцефаліті уражається головний мозок, тому страждають нейрони (нервові клітини мозку). Люди, які перехворіли на енцефаліт, переживають наслідки, схожі з наслідками інсульту, травм голови та інших захворювань головного мозку. Як правило, вони пов'язані з порушеннями когнітивних та мовних функцій.