За місцем становища виділяють нервово-м'язові. синапси, нервово-залізисті та нейро-нейрональні; останні, своєю чергою, діляться на аксо-аксональные, аксо-дендрітичні, аксо-соматичні, дендро-соматичні, дендро-дендротичні.
1) центральні синапси; 2) периферичні синапси. Центральні синапси лежать у межах центральної нервової системи, а також знаходяться у гангліях вегетативної нервової системи.
За морфологічним принципом синапси поділяють на: нейром'язові (аксон нейрона контактує з м'язовою клітиною); нейросекреторні (аксон нейрона контактує з секреторною клітиною); нейро-нейрональні (аксон нейрона контактує з іншим нейроном):
Відростки нервових клітин утворюють різноманітні типи синапсів: аксо-дендритні, аксо-аксональні, аксо-соматичні, дендро-дендритні, дендро-соматичні, сома-соматичні.