У віці 20 років Наполеон переніс малярію, він також страждав на туберкульоз легень, його печінка була збільшена і часто хворіла (ймовірно, внаслідок амебної дизентерії). Ознаки раку шлунка були очевидні, від нього померли батько та два брати Бонапарта.
Лікарі та історики припускають, що Наполеон хворів епілепсією. Він часто впадав у емоційну нестриманість. У дитинстві поведінка цієї активної, норовливої і впертої дитини буквально до кишок пробирала батьків і всю сім'ю, включаючи прислугу.
Так званий "комплекс Наполеона" або "синдром коротуна" – набір психологічних якостей, який прийнято приписувати низькорослим чоловікам. Мова йде про зарозумілій, владній, агресивній манері поведінки, яка покликана компенсувати почуття неповноцінності через занадто низьке зростання.
Наполеон помер 5 травня 1821 року на острові Святої Єлени. Він провів там шість років, перебуваючи у вигнанні після своєї капітуляції британському флоту. Розтин показав, що причиною смерті був рак шлунку.