У хворих із синдромом хронічної втоми часто виявляють віруси, що належать до двох сімейств: герпесвірусам (вірус Епштейн-Барр, цитомегаловірус, герпесвіруси 1, 2, 6 та 7 типів); ентеровірусам (віруси Коксакі та ін.).
Згідно з однією з поширених теорій, важливу роль у появі хронічної втоми відіграють віруси Епштейна-Барра, вірус Коксакі типу В, гепатиту C, герпесу різних типів, коронавіруси, включаючи SARS-CoV-2, риновіруси, цитомегаловірус, ентеровіруси.
Найчастіше його пов'язують із перенесеною вірусною чи бактеріальною інфекцією. Це може бути грип, ГРВІ, деякі види гепатитів, ендокардит, пневмонія та ін.. Нерідко поштовхом до розвитку синдрому є реакція організму на оперативне лікування, тяжкі пологи, сильний чи хронічний стрес.
Причини синдрому хронічної втоми перебування в задушливих, непровітрюваних приміщеннях більшу частину дня; постійні стреси, нервова перенапруга; нераціональне харчування швидкими вуглеводами та фаст-фудом; гіподинамія: недостатня фізична активність