Найбільш складною формою захворювання є бактеріальний менінгіт.
Бактеріальний менінгіт відрізняється тяжким перебігом у порівнянні з вірусним і має велику летальність. Якщо при вірусних менінгітах вмирає близько 1% хворих, то при бактеріальному – 10%. Як правило, після перенесеного менінгіту відзначаються слабкість та знижений настрій.
Розрізняють лептоменінгіт – запалення м'якої та павутинної мозкових оболонок, і пахіменінгіт – запалення твердої мозкової оболонки. У клінічній практиці під терміном «менінгіт» зазвичай мають на увазі запалення м'якої мозкової оболонки, яке діагностується частіше за інших.
На відміну від бактеріального менінгіту, вірусний менінгіт зазвичай не вражає паренхіму головного мозку. Паренхіма уражається при вірусному енцефаліті чи менінгоенцефаліті.