Не рекомендується поєднувати амітриптілін з флувоксаміном, з клозапіном.. Підвищує концентрацію антидепресантів СІЗЗС, а також може при поєднаному застосуванні з антидепресантом групи СІГЗЗ викликати серотоніновий синдром. При поєднанні із сертраліном посилюється седативна дія обох препаратів :248.
Також при прийомі СІЗЗЗ може виникнути серотоніновий синдром – перевищення норми вмісту серотоніну. Він проявляється перезбудженням, занепокоєнням, пітливістю та почастішанням серцебиття. У зв'язку з цим краще не приймати два препарати цього класу одночасно.
Знеболюючі та заспокійливі препарати Якщо приймати ці препарати одночасно, їхня токсична дія збільшується. Таке передозування антидепресантів може суттєво зменшити і частоту дихання, і частоту серцевих скорочень, причому іноді до смертельного рівня.
Ще один спосіб згладити побічні ефекти антидепресантів – призначити разом із ними додатковий препарат: наприклад, із групи транквілізаторів. Такі препарати можуть мати свої побічні ефекти, приймати їх довгий час не можна. На відміну від антидепресантів, деякі з них можуть спричинити звикання.