Біль обумовлена тим, що у вогнищах ендометріозу відбуваються циклічні розлади, подібні до тих, що відбуваються в ендометрії, а також супутніми запальними порушеннями, змінами в нервових закінченнях і спайковим процесом, в який нерідко залучені нижні відділи кишечника.
Крім того, що виникає без причини біль в зоні попереку або внизу живота, при ендометріозі можливі болючі відчуття під час статевого акту. При залученні до процесу поряд розташованих органів з'являється біль при сечовипусканні, дефекації, фізичному навантаженні і навіть за зміни положення.
Ендометріоз часто викликає сильний біль у ділянці малого тазу, особливо під час місячних. У деяких жінок болючі відчуття виникають також під час статевого акту або при відвідуванні туалету. У деяких випадках ендометріоз ускладнює настання вагітності.
Щоб уникнути розвитку ускладнень при ендометріозі не рекомендується надмірна теплова дія на організм (відвідування бань та саун), а також відвідування солярію та цілеспрямоване тривале перебування під відкритими сонячними променями на курортах. Також не можна приймати гарячі ванни.