Доза радіологічного опромінення при КТ значно вище, ніж при рентгенівському дослідженні, не варто «бити з гармати горобцями». Наприклад, при підозрі на перелом або при первинному поводженні з болем у суглобах краще зробити рентген.
Тому на питання, що шкідливіше, однозначною відповіддю буде. рентгенографічний метод. Основним недоліком МРТ перед рентгеном є неможливість зробити МРТ пацієнту, який страждає на клаустрофобію, що використовує кардіостимулятор або має інші металеві об'єкти в тілі.
Загальна доза опромінення, яку отримує людина під час проведення даних досліджень, зазвичай, не перевищує 15 мЗв. Під час проведення КТ мозку доза становить 1-2 мЗв, діагностика великих за обсягом частин тіла, як-от, наприклад, КТ органів черевної порожнини чи малого таза також незначна – близько 6-11 мЗв.
Важлива відмінність полягає в тому, що КТ – це сукупність пошарових рентгенівських знімків певної товщини зрізу, з яких вибудовується об'ємна проекція, а не площина, як на рентгені. У цьому вся одна з основних відмінностей комп'ютерної томографії від традиційного рентген.