Кліщовий енцефаліт викликається нейротропним вірусом кліщового енцефаліту, основними переносниками та резервуаром якого є іксодові кліщі (Ixodes persulcatus та Ixodes ricinus).
Енцефаліти найчастіше викликаються вірусами, такими як вірус простого герпесу, вірус вітряної віспи, цитомегаловірус чи вірус Західного Нілу. Енцефаліт може виникати за рахунок таких механізмів: Вірус заражає безпосередньо головний мозок.
Причиною захворювання є РНК-вірус кліщового енцефаліту, який відноситься до роду флавовірусів. За складом генетичного матеріалу та місцем поширення розрізняють далекосхідний, урало-сибірський та західний підтипи. Вірус переносять іксодові кліщі, вони є його головним резервуаром.
Енцефаліт – це запалення паренхіми головного мозку, що виникає внаслідок прямої вірусної інвазії або як постінфекційне імунологічне ускладнення, спричинене реакцією гіперчутливості на вірус чи інший чужорідний білок.