Можна констатувати, що на сьогодні МРТ більш інформативна при дифузному та осередковому ураженні структур головного мозку, патології спинного мозку та краніоспінального стику (тут КТ зовсім неінформативна), ураження хрящової тканини. КТ переважна при захворюваннях грудної клітки, живота, тазу.
Відмінність МРТ від КТ Комп'ютерна томографія (КТ) найкраще сприймає кісткові структури. Тому КТ добре використовуватиме визначення кісткових травм і різних ушкоджень. На МРТ добре видно м'які тканини: м'язи, судини, хрящі, спинний та головний мозок.
Обидві методики візуалізують патології організму, але якщо МРТ дає інформацію про стан м'яких тканин, то КТ більшою мірою застосовується для оцінки здоров'я кісток та інших твердих тканин. Ключові відмінності МРТ та КТ очевидні, коли зрозумілі принцип дії апаратів, природа випромінювання та показання до призначення.
Рівень радіації при дослідженні на КТ коливається між 2 і 10 мЗв, що практично дорівнює кількості радіації, яку людина отримує з навколишнього середовища за 3-5 років. Зазвичай КТ не рекомендується вагітним жінкам та дітям, лише якщо це життєво необхідно. При МРТ дії радіації немає.