Малі дефекти міжшлуночкової перегородки, особливо м'язового шару, часто закриваються спонтанно протягом перших кількох років життя. Невеликий дефект, що залишається відкритим, не потребує медичного чи хірургічного лікування. Більші дефекти закриються спонтанно з меншою ймовірністю.
У перший місяць життя закривається близько 80% отворів, але можливе самостійне закриття отвору і в більш пізні терміни.. Закриття відбувається в основному за рахунок м'язового шару міжшлуночкової перегородки. малі, у своїй обсяг крові у малому колі кровообігу збільшується на 25%.
Дефекти міжшлуночкової перегородки закривають ушиванням отвору (тобто просто накладають кілька швів) або, найчастіше, за допомогою латки із синтетичного (або спеціальним чином обробленого біологічного) матеріалу, який швидко покривається власною тканиною серця.
Товщина міжшлуночкової перегородки може досягати 30 і навіть 40 мм, хоча в нормі не повинна перевищувати 10 мм. Іноді зустрічається рівномірне потовщення міжшлуночкової перегородки та вільної стінки лівого шлуночка, у дуже поодиноких випадках потовщення локалізується тільки в області верхівки серця.