Пацієнтки з ендометріозом і хронічним тазовим болем зазвичай пред'являють скарги на постійний і періодичний, ниючий або нападоподібний, тривалий біль, як правило, обмежену областю малого таза, попереком, передньою черевною стінкою нижче пупка.
Крім того, що виникає без причини біль у зоні попереку або внизу живота, при ендометріозі можливі болючі відчуття під час статевого акту. При залученні до процесу поряд розташованих органів з'являється біль при сечовипусканні, дефекації, фізичному навантаженні і навіть при зміну становища.
Ендометріоз може вражати м'язовий шар матки, область внутрішніх геніталій, очеревину малого тазу і навіть органи за межами репродуктивної системи (нирки, сечовий міхур тощо).
Ендометріоз часто викликає сильний біль у ділянці малого тазу, особливо під час місячних. У деяких жінок болючі відчуття виникають також під час статевого акту або при відвідуванні туалету. У деяких випадках ендометріоз ускладнює настання вагітності.