МРТ головного мозку здатне виявити такі захворювання та порушення:
- кістоутворення;
- аневризми, тромбоз та інші судинні патології;
- гематоми;
- пухлини – доброякісні та злоякісні;
- ішемічні зони;
- підвищення внутрішньочерепного тиску.
У цілому нині, МРТ краще розрізняє м'які тканини. Кістки при цьому не можуть бути видно — резонансу від кальцію немає і кісткова тканина на МР-томограмах видно лише опосередковано.
Лікар призначає МРТ в першу чергу при підозрах на захворювання головного та спинного мозку, хребта, гіпофіза, надниркових залоз, органів черевної порожнини та заочеревинного простору (крім шлунка та кишечника), органів малого тазу, великих суглобів, серця та судин, ЛОР-органів.