У цілому нині, МРТ краще розрізняє м'які тканини. Кістки при цьому не можуть бути видно – резонанс від кальцію відсутня і кісткова тканина на МР-томограм видно лише опосередковано.
МРТ головного мозку здатне виявити такі захворювання та порушення:
- кістоутворення;
- аневризми, тромбоз та інші судинні патології;
- гематоми;
- пухлини – доброякісні та злоякісні;
- ішемічні зони;
- підвищення внутрішньочерепного тиску.
МРТ голови може показати наявність розсіяного склерозу, атрофію кори, зміни в судинах, травматичні ушкодження мозку, осередки вроджених аномальних особливостей організму.