Епіфіз продукує в основному індол-N-aueтил-5-метилокситриптамін (мелатонін) [4, 6]. На відміну від свого попередника серотоніну ця речовина синтезується, мабуть, не тільки в шишкоподібній залозі, оскільки є численні дані про те, що він синтезується в невеликих кількостях і сітківці ока [34].
Функції епіфізу Адреногломерулотропін (Farell 1959) стимулює вироблення альдостерону, біосинтез здійснюється шляхом відновлення серотоніну.
Мелатонін є основним гормоном, що синтезується епіфізом. Головною його функцією є регуляція добового ритму організму (сон-неспання). Це відбувається за рахунок хвилеподібного режиму виділення мелатоніну, причому пік максимальної концентрації цієї речовини в крові припадає між 1 та 5 годинами ночі.
Синтез мелатоніну епіфізом регулюється фотонами світла і посилюється у темний час доби. З триптофану під дією ферменту утворюється 5-гідрокситриптофан, з якого за допомогою іншого ферменту утворюється серотонін.