Коли і мозок, і мозкові оболонки вже інфіковані – цей стан називається менінгоенцефалітом. Зазвичай при енцефаліті та менінгіті інфекція не обмежується однією областю. Запальний процес може поширюватися в усьому мозку чи його оболонкам, у всій довжині спинного мозку.
Інфекції головного мозку часто вражають інші частини центральної нервової системи (ЦНС), включаючи спинний мозок. Головний та спинний мозок, як правило, захищені від інфекції, але якщо інфікування відбулося, наслідки його дуже часто є серйозними. Інфекції можуть викликати запалення мозкових оболонок (менінгіт
нудота чутливість до світла Загальна слабкість у крайніх проявах можливі паралічі, епілептичні напади, порушення свідомості і т.д.
У разі несвоєчасного лікування менінгіт може призвести до глухоти, порушення пам'яті, ниркової недостатності, епілепсії, гідроцефалії, затримки у розвитку у дітей. У деяких випадках хвороба може закінчитися летальним кінцем.