Виводиться протягом одного тижня переважно нирками (на 80%) у незміненому вигляді або як метаболіти, близько 15% препарату виводиться кишечником. При порушенні функції нирок екскреція флуоксетину та його метаболітів уповільнюється.
При різкій відміні терапії, пропуску дозування або прийомі неповної дози може виникнути синдром відміни: запаморочення, сенсорні порушення (наприклад, почуття поколювання), психічні зміни (дратівливість, тривожність, неспокій, знижений настрій, плаксивість, панічні атаки, страхи, сплутаність).
Флуоксетин добре всмоктується з кишківника, зв'язується з білками крові. Він повільно метаболізується печінкою, що призводить до його накопичення у крові.. Препарат пригнічує функцію деяких ферментів печінки та може значно впливати на метаболізм інших ліків.
Скасування терапії флуоксетином слід проводити поступово протягом одного або двох тижнів, залежно від стану пацієнта (Див. розділ "Особливі вказівки"). У пацієнтів похилого віку початкова доза, що рекомендується, становить 20 мг. При необхідності доза може бути збільшена до 40-60 мг/добу.