У 80% випадків захворювання триває 1-3 роки, 10% хворих живуть довше (до 10 років), у 10% описано блискавичну течію, коли смерть настає менш ніж через 3 місяці.
Не існує специфічного методу лікування. Коли починають виявлятися симптоми кліщового енцефаліту, які вказують на ураження центральної нервової системи – це менінгіт, енцефаліт, – хворий має бути негайно госпіталізований, йому необхідно надати підтримуючу терапію.
При енцефаліті уражається головний мозок, тому страждають нейрони (нервові клітини мозку). Люди, які перехворіли на енцефаліт, переживають наслідки, схожі з наслідками інсульту, травм голови та інших захворювань головного мозку. Як правило, вони пов'язані з порушеннями когнітивних та мовних функцій.
Відновлення після вірусного енцефаліту може займати дуже тривалий час.