Джерелом протонів у хімії є мінеральні та органічні кислоти. У водному розчині кислоти здатні до дисоціації з відщепленням протона, що утворює катіон гідроксонію. У газовій фазі протони отримують іонізацією відривом електрона від атома водню.
Кількість протонів в атомі збігається з кількістю електронів, оскільки атом електрично нейтральний і збігається з порядковим номером елемента в періодичній таблиці Менделєєва. Оскільки номер фтору 9, то атом фтору містить 9 протонів та 9 електронів.
Фізики виявили, що за рухом окремих протонів можна спостерігати за допомогою оптичного мікроскопа.
протонів і нейтронів в атомному ядрі (див. Ядро атомне). В позначення елементів пишеться ліворуч від символу елемента, напр. О.