Бронхоскопія проводиться у положенні сидячи. Лікар вводить ендоскоп у дихальні шляхи під контролем зору, поступово оглядаючи нижчележачі відділи трахеобронхіального дерева з обох боків. Апарат зазвичай вводиться через носовий хід, але в деяких випадках може бути введений у дихальні шляхи та через рот.
Бронхоскопія гнучким ендоскопом зазвичай триває десь від 45 хвилин до 1 години.
Дослідження проводиться або сидячи на стільці, або лежачи на кушетці, вирішує лікар. Під контролем зору лікар вводить ендоскоп у дихальні шляхи, поступово оглядаючи трахеобронхіальне дерево з обох боків.. Як правило, апарат вводиться через носовий прохід, але може бути введений у дихальні шляхи та через рот.
Бронхоскопію робити не боляче, оскільки застосовується загальний чи місцевий наркоз.