Захворювання зазвичай пов'язане з вживанням страв з рису, фаршу, а також виробів, що містять крохмаль. Токсин Bacillus cereus термостабілен та повторне кип'ятіння страви його не руйнує. Clostridium perfringens. Токсикоінфекція пов'язана з вживанням страв з м'яса, птиці та бобових, які не пройшли достатню термообробку.
Харчові отруєння найчастіше виникають як ботулізм, сальмонельоз, стафілококові інфекції, псевдотуберкульоз, ієрсиніоз.
Умови для вироблення ботулотоксину є в широкому ряді харчових продуктів: низькокислотні консервовані овочі (зелена квасоля, шпинат, гриби та буряк), риба (консервований тунець, ферментована, солона та копчена риба), м'ясні продукти (сиро-в'ялені м'ясні вироби, шинка та сосиски.
Найбільш відомими бактеріальними харчовими отруєннями є ботулізм, стафілококовий токсикоз, захворювання, що викликаються Clostridium perfringensi та сінною паличкою (Bacillus cereuse). Екзотоксини, що виробляються пліснявими грибками, називаються мікотоксинами, викликані ними харчові отруєння – мікотоксикозами.