Для лікування біполярного афективного розладу І та ІІ типу та профілактики обох фаз захворювання використовують препарати літію, протиепілептичні препарати, зокрема такі як вальпроати, карбамазепін та ламотриджин, деякі з атипових нейролептиків, зокрема кветіапін та оланзапін.
Золотим стандартом лікування БАР є когнітивно-поведінкова терапія. Для контролю симптомів розладу застосовують кілька груп препаратів: нормотиміки, нейролептики та антидепресанти, іноді всі разом. Лікар також може призначити протитривожні препарати.
Найменша шкода самолікування — у тому, що воно не допоможе або призведе до неповного поліпшення, але воно може й погіршити стан. Наприклад, неадекватний прийом антидепресантів при БАР може з депресивної фази вкинути у важкий маніакальний стан, з якого потім буде важко вибратися.