Аспірин, парацетамол, алопуринол, антибіотики та низка інших ліків здатні підвищувати активність лужної фосфатази. Прийом оральних контрацептивів іноді призводить до зниження активності лужної фосфатази. Активність лужної фосфатази може бути підвищеною, якщо кров після взяття охолоджувалася.
Активність кишкової лужної фосфатази може збільшуватись після прийому їжі та при захворюваннях кишечника; плацентарна ЛФ присутня у сироватці крові під час вагітності, рівень її підвищується при нормально протікає вагітності і досягає максимуму в третьому триместрі.
Рівень лужної фосфатази збільшується при порушенні відтоку жовчі, наприклад, за наявності каменів у жовчних протоках. Щоб визначити, чи зумовлено підвищення активності лужної фосфатази захворюванням печінки або кісток, необхідне додаткове дослідження рівня гамма-глутаматтрансферази (ГГТ).
Рівень лужної фосфатази знижений при гіпотиреозі, порушеннях росту кістки, нестачі цинку, магнію, вітаміну В12 або С (цингу) в їжі, анемії (малокровії). Прийом медичних препаратів також може спричинити зниження лужної фосфатази у крові.