Для лікування біполярного афективного розладу І та ІІ типу та профілактики обох фаз захворювання використовують препарати літію, протиепілептичні препарати, зокрема такі як вальпроати, карбамазепін та ламотриджин, деякі з атипових нейролептиків, зокрема кветіапін та оланзапін.
Важливо правильно поєднувати препарати. Так, якщо пацієнту з БАР призначити лише антидепресанти, це може погіршити ситуацію, навіть якщо він перебуває у депресії. Антидепресанти можуть «розігнати» його стан до гіпоманії чи навіть манії.
Золотим стандартом лікування БАР є когнітивно-поведінкова терапія. Для контролю симптомів розладу застосовують кілька груп препаратів: нормотиміки, нейролептики та антидепресанти, іноді всі разом. Лікар також може призначити протитривожні препарати.