У правій півкулі мозку тромбоцитів міститься більше, тому права сторона голови у страждаючих мігрень болить частіше. Також односторонній характер болю іноді зумовлюють активацією або ушкодженнями трійчастого нерва, того самого, що відповідальний за сенсорні відчуття обличчя.
Якщо довго болить лівий бік голови, це може свідчити про те, що прогресує гнійний отит. У лицьовій частині черепа розташовуються пазухи, запалення яких також призводить до локальних болів. Існування великої кількості захворювань, симптоматика яких включає біль голови, дуже ускладнює діагностику.
У порівнянні з болем напруги або іншими типами головного болю, біль при мігрені може бути від помірної до сильної. Деякі люди можуть відчувати такий сильний біль голови, що змушені викликати бригаду «швидкої допомоги». Мігренозна головний біль, як правило, вражає лише один бік голови.