Основним резервуаром, який підтримує існування збудника, є іксодові кліщі – Ixodes persulcatus (переважно в азіатському регіоні Росії) та Ixodes ricinus (переважно в європейському регіоні). Традиційні райони поширення кліщового енцефаліту. Сибір, Урал, Далекий Схід.
У Росії її основними переносниками кліщового енцефаліту є два виду кліщів: тайговий і собачий. Таїжний кліщ найчастіше зустрічається в лісах Сибіру та Далекого Сходу, собачий кліщ – у Європейській частині Росії.
Ризики зараження енцефалітом та місця проживання кліщів Малоймовірною буде зустріч з кліщами на горбистих та піднесених місцях, що знаходяться постійно на сонці, а також серед хвої.
До зараження кліщовим енцефалітом сприйнятливі усі люди, незалежно від віку та статі. Найбільшого ризику наражаються особи, які перебувають у весняно-літній період у приміських лісах, лісопарках, околицях індивідуальних садово-городніх ділянок, що примикають до лісових масивів.