– втрачається досягнутий ефект (кількість вірусу різко зростає, знижується імунітет); – З'являється стійкість вірусу до лікування; – розвиваються супутні захворювання; – З'являється загроза смерті.
Вважається, що терапія ефективна, якщо прихильність до лікування становить не менше 95 %, тобто допускається не більше одного пропуску прийому препаратів на місяць. Перепустка – це відхилення від режиму лікування, оскільки порушується необхідне для контролю реплікації вірусу дозування АРВТ.
АРТ не виліковує ВІЛ-інфекцію, а лише перериває її прогресування. Якщо АРТ перервати, наприклад, якщо не буде ліків, то загроза СНІДу знову виникне. Препарати для АРТ треба приймати все життя, а у всіх можуть побічні ефекти, які дуже неприємні, а деякі навіть небезпечні для життя.