Коли лікар призначає МРТ мозку чи КТ, він керується тим, що потрібно дослідити. Так, КТ вважається більш ефективною при обстеженні твердих тканин, кісток черепа та їх порушень, а МРТ – для аналізу м'яких тканин. Дослідження призначають у таких випадках: Пацієнт отримав черепно-мозкову травму
Відмінність МРТ від КТ Комп'ютерна томографія (КТ) найкраще сприймає кісткові структури. Тому КТ добре використовуватиме визначення кісткових травм і різних ушкоджень. На МРТ добре видно м'які тканини: м'язи, судини, хрящі, спинний та головний мозок.
Також на знімках комп'ютерної томографії головного мозку та черепа чітко візуалізуються кісти та пухлини різних тканин: кісткової, хрящової, м'яких тканин головного мозку.
Можна констатувати, що на сьогодні МРТ більш інформативна при дифузному та осередковому ураженні структур головного мозку, патології спинного мозку та краніоспінального стику (тут КТ зовсім неінформативна), ураження хрящової тканини. КТ переважна при захворюваннях грудної клітки, живота, тазу.