Для етапних клінічних діагнозів визначення основного захворювання ширше: основним є те захворювання (травма, синдром, патологічний процес), яке стало причиною звернення до лікаря, причиною госпіталізації та лікувально-діагностичних заходів.
Супутнє захворювання – це нозологічна форма, яка етіологічно та патогенетично не пов'язана з основним захворюванням або його ускладненнями. Воно існує разом із основним, життю не загрожує, але у своїй течії обтяжує клініку основного захворювання.
Ускладнення основного захворювання – це нозологічні одиниці, травми, синдроми та симптоми, патологічні процеси, які патогенетично та/або етіологічно пов'язані з основним захворюванням, обтяжують його перебіг та, нерідко, є безпосередньою причиною смерті, але не є у своїй його проявами.
Клінічний діагноз повинен бути поставлений та записаний в історії хвороби протягом перших трьох днів перебування хворого у стаціонарі після отримання результатів лабораторних та інструментальних методів дослідження та висновків фахівців-консультантів.