Магній погано засвоюється (лише на 30%) і лише за наявності достатнього рівня вітаміну D (а в більшості є його дефіцит). Засвоєння магнію порушує кофеїн, алкоголь, фітинова кислота у продуктах, рафіновані продукти, нікотин, пересолена їжа.
Хоча магній також засвоюється сам собою, деякі вітаміни чи мінерали можуть сприяти цьому. Такими елементами є вітаміни групи B, зокрема вітамінів B6, C та D, а також кальцій, калій, натрій тощо. краще приймати з їжею, щоб усі інші необхідні речовини також були доступні.
Однак не весь магній, що надходить в організм із їжею, засвоюється. У випадку з горіхами, кунжутом чи висівками засвоєнню магнію заважає фітин, що міститься в цих продуктах.
зловживання алкоголем; прийом деяких ліків, наприклад діуретиків, так як при прискореному сечовипусканні магній вимивається з організму.