Скарги на поганий сон характерні для пацієнтів з інсультом, деменцією, хворобою Паркінсона, Альцгеймера. Такі психічні захворювання, як депресія, шизофренія, тривожно-маніакальні стани, також супроводжуються порушенням сну. У багатьох випадках часте пробудження вночі пов'язане із синдромом апное уві сні.
Фатальне сімейне безсоння (англ. fatal familial insomnia, FFI) – рідкісне невиліковне спадкове, нейро-дегенеративне (домінантно-успадковане) пріонне захворювання, при якому хворий неминуче помирає від безсоння.
Ретикулярна формація збирає інформацію від органів чуття про зміну дня і ночі і посилає її в гіпоталамус – Відділ головного мозку, відповідальний за формування 24-годинних циклів сну і неспання.
За наявності гіперфункції (або пухлини) надниркових залоз, у крові різко зростає рівень кортизолу та інших стресорних гормонів (кортизол, адреналін, норадреналін), що надають «перезбуджує» ефект на нервову систему і провокують тим самим порушення засинання та сну.