При контакті зі шкірою ПАР руйнують верхній шар і проникають через епідерміс у кров, поширюються організмом і отруюють його. Наприклад, аніонні ПАР викликають захворювання нирок. Тому варто одягати рукавички під час прання та миття посуду, щоб захистити шкіру від згубного впливу миючого засобу.
Один з основних негативних ефектів ПАР у навколишньому середовищі зниження поверхневого натягу. Наприклад, в океані зміна поверхневого натягу призводить до зниження показника утримування CO2 і кисню в масі води. А це негативно впливає на водну флору та фауну.
При попаданні в організм людини найбільш токсичну дію мають катіонні ПАР, а найменшим – неіоногенні ПАР. Аніонні ПАР займають проміжне положення за рівнем токсичності.
Неіногенні ПАР найбезпечніші, тому їх використовують зазвичай для дитячої побутової хімії. Вони сприятливо впливають на шкіру та повністю біорозкладаються. Однак вони менше піняться у воді, тому до складу до них все ж таки доводиться додавати аніонні ПАР.