Під час проведення КТ мозку доза становить 1-2 мЗв, діагностика великих за обсягом частин тіла, як-от, наприклад, КТ органів черевної порожнини чи малого таза також незначна – близько 6-11 мЗв. З цього випливає висновок, що проводити дослідження можна кілька разів на рік без жодної шкоди для здоров'я.
Основним та абсолютним протипоказанням до КТ є вагітність через негативний вплив на організм плода рентгенівських променів. Дітям до 14 років без направлення лікаря КТ намагаються не робити через ризик розвитку онкологічних захворювань від опромінення.
Американські онкологи заявили про те, що радіація від рентгену та комп'ютерної томографії не призводить до розвитку раку.
За допомогою КТ можна діагностувати перенесений інсульт, порушення артерій при атеросклерозі, зміни у структурі кори головного мозку та ураження лицьових кісток. Вона дозволяє розглянути такі порушення у найдрібніших деталях та виявити причини виникнення захворювань.